米国公衆衛生局がタスキーギーの黒人に対して実施した未治療研究が、科学的不正行為という点で悪魔のようなスキャンダルだったというだけでは十分ではないかのように、米国当局はさらに踏み込んだ行動をとった。
2011年、中央情報局（CIA）は、有名な聖戦士テロリスト（1957年～2011年）を逮捕する計画、つまりパキスタンにおける偽のB型肝炎計画を策定した。
たとえ手術が計画通りに進まなかったとしても、ポリオワクチンを投与していた医療専門家の間に不信感を引き起こすには十分であり、国の健康に大きな混乱を引き起こした。
戦術
1990 年代から 2000 年代初頭にかけて、Dr.シャキル・アフリディさんはパキスタンのカイバル・パクトゥンクワ州で上級保健職員として働いていたが、2008年に誘拐されて救出されたばかりだった。その後すぐに彼と家族は国を離れてカリフォルニアに向かったが、そこにも長く滞在しなかった。アフリディの医師免許は北米本土では有効とみなされないため。
パキスタンに戻った医師は慈善団体セーブ・ザ・チルドレンが主催するイベントに出席し、そこでケイトと名乗るアメリカ人女性と出会った。 2011年1月、アフリディさんはアボタバード地域（同年5月2日にビンラディンが死亡する場所）でB型肝炎のワクチン接種キャンペーンを開始するよう彼女に誘われた。
この作戦の隠れた目的は、アメリカの諜報機関がテロリストが隠れていると信じていた都市郊外のビラルタウン地区の住民からDNAを収集することであった。使用済みの針が廃棄のために収集された後、CIAの担当者はワクチン接種を受けた子供たちの中にビンラディンと関係があるかどうかを検査することになった。
3月にアフリディさんはワクチンを無料で提供する資金があると主張して同市に到着した。政府の許可を得て、彼はアボタバード全域にキャンペーンを宣伝するポスターを貼り、最も貧しい地域の一つであるナワ・シェルで偽ワクチン接種を開始した。
完全な免疫を確保するにはワクチンを3回に分けて投与する必要があるが、医師と看護師数人を含むグループは初回投与後、場所を変えて戻らなかった。 4月に立ち寄ったのはビラルタウンのワジリスタン・コティで、CIAはテロリストが隠れていると信じていた3階建ての家だった。
しかし、その1か月後、ビンラディンは米海軍特殊部隊の襲撃中に殺害された。 3週間後、アフリディは偽のワクチン接種キャンペーンに関与したとしてパキスタン軍間情報局に逮捕された。
長期にわたる副作用
ナショナル・ジオグラフィックの報道によると、アフリディ氏は証言の中で、雇用主が市内でワクチン接種キャンペーンを開始する理由が医療と研究以外にあるとは思わないと述べた。
2012年5月23日、医師は反逆罪とパキスタンの主権侵害幇助の罪で懲役33年の判決を受けた。米国ではアフリディは英雄のような存在とみなされていたが、祖国では裏切り者とみなされていた。有罪判決から1年後、彼の判決は取り消され、新たな裁判が命じられた。報復として、米国はパキスタンへの援助を3,300万ドル（医師の懲役刑1年ごとに100万ドル）削減した。
パキスタンとアメリカの当局がこれらの点について話し合っている間に、偽のワクチン接種キャンペーンのニュースがパキスタン全土に広がり、数千人がワクチン接種を拒否し、ポリオ症例の「波」を引き起こした。多くの人は、ワクチンは「パキスタンのイスラム教徒を断種するという西側の陰謀の一部だった」と主張した。
結局、CIAの意図的な不正行為により、国内でのワクチン投与はさらに困難になった。 BBC が報じたように、2020 年の時点で、ポリオが依然としてパンデミックとなっている最後の 2 か国はパキスタンとアフガニスタンとなった。
長年の反響を経た2014年、CIAは「ワクチン接種プログラムをスパイ活動の隠れ蓑として決して利用しない」と表明した。